Python生物信息从入门到进阶培训班
开班时间: 2022年12月2-4日 (线上)
【课程介绍】
Python是一种结合解释性、编译性、互动性和面向对象的脚本语言。它设计简洁，具有很强的可读性。Python目前拥有众多专用的科学计算扩展库，以及生物信息学专用的Biopython，为分析处理生物信息学数据提供了强大功能。越来越多的科研人员开始学习Python语言用于机器深度学习，来处理实验数据、制作图表。
【教学目标】
通过学习，让学员掌握：Git、Atom的基本使用、python数据结构；python的输入输出、方程、模块、循环、算法、寻找bug；python常见软件包numpy、pandas、matplotlib、SKlearn、nibabel等安装使用及软件包功能介绍；通过python进行小的数据、图像、数学、统计计算分析;python深度学习介绍，人工智能训练线性及卷积神经网络。
【课程特色】
1. 本课程覆盖python基础知识，通过atom程序编辑软件进行python程序写作；
2. Deep learning,决策树，支持向量机，神经网络；
3. Github程序库介绍，Git使用下载、上传、协作软件编辑；
4. Python基本软件包Numpy、Pandas、Matplotlib、SKlearn及磁共振软件包nibabel介绍；
5. 本课程手把手，实操性强，有全程屏幕录制视频课后发给学员，组群学员微信群便于学员与讲师互动交流。
【讲师简介】
秦老师，博士生导师。研究方向生物物理、生物光子学、生物医学虚拟场景开发。05获中科院分子发育生物学硕士学位，08年获美国东北大学物理化学硕士学位，13年获美国密苏里大学哥伦比亚生物物理博士学位与统计硕士学位，13-18年在加州大学伯克利分校博士后。目前已在Cell,Nature Communications,EMBO reports，ACS Sensors等杂志发表文章十余篇。
【课程内容】
Python学习班课程安排 | |||
日期 | 时间 | 主要内容 | 详细内容 |
备课 | 19:00-20:30 | 软件安装 | Git、Atom、Python安装 |
| |||
第一天上午 | 9:00-10:30 | 计算机语言基本介绍 | 计算机语言介绍、不同语言比较、Python的优缺点、Github介绍 |
程序的组织与写作、Git介绍 | |||
基本数学计算、变量、字符、文字 | |||
交互式输入与输出、上载与下载文件 | |||
10:30-10:45 |
|
| |
10:45-12:00 | 计算机语言数据结构与逻辑教学 | 交互式输入与输出、上载与下载文件 | |
循环与逻辑 | |||
数据结构：序列和字典 | |||
| 12:00-13:00 | 午休时间 | |
第一天下午 | 13:00-15:30 | 编程基本讲解与Python软件包教学 | 面向对象编程 |
模块、类与对象 | |||
Python软件包，如何制作并使用 | |||
Debugging、自测试 | |||
15:30-15:45 |
|
| |
15:45-18:00 | 基本程序写作及网络数据挖掘写作 | Python统计计算，均值、方差、t统计、p值、pdf和cdf统计分布图 | |
基本网络数据挖掘写作 | |||
| |||
第二天上午 | 9:00-10:30 | Matplotlin软件包及实操（一） | Matplotlin软件包介绍 |
现状图、柱形图、散点图、 | |||
轮廓图、图像保存 | |||
一般图像的输入、输出 | |||
10:30-10:45 | 休息 | ||
10:45-12:00 | Matplotlin软件包及实操（二） | 矩阵基础、数字图像是什么？ | |
基本图像数字处理、平移、缩放、旋转 | |||
Affine转化、图像切割、多图绘制 | |||
| 12:00-13:00 | 午休时间 | |
第二天下午及晚上 | 13:00-15:30 | Numpy软件包介绍及实操（一） | Numpy软件包介绍、数组属性 |
创建数组、数值性质、切片索引 | |||
高级索引 | |||
15:30-15:45 | 休息 | ||
15:45-18:00 | Numpy软件包介绍及实操（二） | 广播、数组迭代 | |
数组操作、位运算、字符串函数 | |||
数学函数、统计函数、基础统计介绍 | |||
矩阵库、线性代数运算 | |||
18:00-19:00 | 晚饭及休息时间 | ||
19:00-22:00 | mxnet软件包介绍及实操 | 线性神经网络、softmax回归 | |
图像分类MNIST | |||
多层感知机 | |||
深度学习计算，卷积神经网络 | |||
| |||
第三天上午 | 9:00-10:30 | Pandas软件包介绍及实操 | Pandas软件包介绍 |
选择数据、设置值处理、数据丢失、合并出图 | |||
全基因组sgRNA数据的分析、sgRNA序列提取、GC含量、sgRNA位置信息提取、sgRNA序列比对 | |||
10:30-10:45 | 休息 | ||
10:45-12:00 | Biophython软件包介绍及实操 | 基因序列管理、比对 | |
DNA序列转录、翻译 | |||
多序列比对、序列输入输出 | |||
Nibabel软件包及实操 | Nibabel软件包介绍 | ||
磁共振MRI数据读取 | |||
矩阵提取、结果可视化、运动矫正、线性回归 | |||
磁共振MRI数据读取 | |||
| 12:00-13:00 | 午休时间 | |
第三天下午 | 13:00-15:00 | Scikit learn软件包及实操 | 矩阵提取、结果可视化、运动矫正、线性回归 |
线性回归 | |||
分类、无监督 | |||
数据降维、数据预处理、PCA、K-means、支持向量机SVM、决策树 | |||
15:00-15:15 |
|
| |
15:15-17:00 | Tensorflow深度学习介绍 | 卷积、正向反向传播、优化器、损失函数、池化、BN | |
LeNet, AlexNet, VGGnet, Inception, ResNet网络介绍与应用 | |||
图网络与超图网络介绍 | |||
备注：务必自带电脑，要求windows系统，有大于50G可用内存。学习班可提供安装包 | |||
【注意事项】
此次课程为线上直播教学模式（腾讯网络会议平台授课，可回放），报名付费成功后，会务组将在开班前一周内发给您培训需要安装的软件及电子版课件资料。课后老师通过微信群长期继续提供答疑指导。
【开班日期】
2022年12月2-4日，1日晚上有预备课。
【注册费用】
3800元/人，3人及以上报名、或同时报两个课程可优惠300元/人。付款方式支持对公转账、支付宝转账及公务卡付款；提供正式会务发票和盖章版邀请函。
【报名咨询】
张建 电话：13788915181（微信同号） 邮箱：kf@yanshudata.com
